La invasión soviética de Afganistán ha traído un nuevo borde de la Guerra Fría, y en 1984, un tuerto con un brazo protésico aparece en el país. Los que le conocen le llama Serpiente el legendario mercenario que fue barrido del escenario de la historia y se queda en un coma por privado estadounidense red de inteligencia.Serpiente se acompaña de ocelote, un viejo amigo que le salvó de los ataques cuando despertó finalmente.. Ahora, ex compañero de las serpientes Kazuhira Miller se lleva a cabo por el ejército soviético en Afganistán. Snake debe realizar un solo misión de rescate Miller y demostra al mundo que el legendario mercenario no ha muerto y se ha ido. El primer paso será llevar a un camino de venganza en contra de la misma cifra que sacrificado muchos serpiente de los hombres, y a la batalla que se sumiría al mundo entero.