La nueva aventura "galáctica" de Inazuma Eleven 2 comienza solo una semana después de los acontecimientos de Inazuma Eleven, justo después de que el equipo protagonista, el Equipo Raimon, haya ganado el Torneo Fútbol Fontrier. El entrenador del Equipo Raimon convoca a su equipo para una sesión de entrenamiento durante la cual la escuela es atacada por unos invasores del espacio que responden al misterioso nombre de Academia Alius. Lejos de venir en son de paz, los alienígenas se han propuesto destruir el mundo usando a su equipo de fútbol... Solo el Equipo Raimon conseguirá pararle los pies a la Academia Alius y salvar al mundo. Para lograrlo, el capitán del equipo, Mark Evans, y sus compañeros del Equipo Raimon deberán viajar por Japón y reclutar a los mejores jugadores de fútbol del país. Al final, todo se decidirá en un partido de fútbol.