Tus aventuras se desarrollan en el majestuoso entorno natural de la región de Hisui, donde te encargarás de investigar Pokémon para crear la primera Pokédex de la región. Tendrás la ayuda de tus Pokémon a la hora de combatir contra los Pokémon salvajes que quieras atrapar. No tienes más que lanzar la Poké Ball que contiene a tu Pokémon cerca de un Pokémon salvaje, y el combate se iniciará automáticamente. Para luchar, elige entre los movimientos que tu aliado conoce. Esta aventura te llevará a la región de Sinnoh, donde transcurrían Pokémon Diamante y Pokémon Perla. Sin embargo, hay que remontarse muchos años atrás, antes incluso de que se concibiera la idea de ser Entrenador o Entrenadora Pokémon o de la existencia de una Liga Pokémon. Te encontrarás con Pokémon viviendo en estado salvaje en entornos muy poco acogedores, que te descubrirán una región de Sinnoh muy distinta a la que tal vez recuerdes de Pokémon Diamante o Pokémon Perla. Cuando empieces tu aventura, podrás elegir a Rowlet, Cyndaquil u Oshawott para que te acompañen en tu tarea de crear la primera Pokédex de la región.