NARUTO Shippuden: Ultimate Ninja Heroes 3 pondrá a prueba el espíritu de lucha de los jugadores gracias a sus intensas y frenéticas batallas; además, contará con un extenso plantel de más de 50 personajes entre los que se encuentran Kakashi de joven y Obito Uchiha, ambos salidos de La saga de Kakashi, el capítulo especial de NARUTO Shippuden. Por primera vez en la historia de la franquicia, NARUTO Shippuden: Ultimate Ninja Heroes 3 potencia su sistema de combate para ponerlo al día y permitir enfrentamientos de hasta cuatro jugadores. De este modo, los jugadores podrán aliarse para desatar un ataque especial devastador contra sus rivales, o bien interrumpir las técnicas ninja del enemigo, con el objetivo de ayudar o entorpecer a otro jugador.