La historia comienza donde acaba Killzone 2 con Visari, el malvado dictador Helghast, muerto a los pies de los soldados de las Fuerzas Especiales ISA, Sev y Rico. Puede que estos hayan ganado la batalla, pero no la guerra, ni mucho menos. Visari ha caído, pero él ha dejado atrás un mundo con una políticas de luchas internas y rotundamente asesina. Mientras tanto, su regalo de partida, una bomba nuclear detonada en Pyrrhus, la capital de Helghan, ha diezmado la fuerza de la invasión de los ISA. Sin nuevos refuerzos y con las provisiones rápidamente agotándose, Sev, Rico y las fuerzas ISA restantes deben luchar ahora por su supervivencia contra el crecimiento de la maquinaria bélica de los Helghast...